情報基盤センターFAQ

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A.1 ジョブクラス別の空きノード数を知るには？ 2012/07/20

【相談日】

2012/07/20

【質問詳細】

ジョブを投入する前に，どのぐらいの空きノードがあるのか確認して
から投入するジョブクラスを決めたいのですが，簡単に確認する方法はないのでしょうか。

【回答】

本センターでは
llchkclass（/opt/common/freeware/bin/llchkclass）
というコマンドを公開しており，このコマンドでジョブクラス別の
空きノード状況を確認することができます。

このコマンドをTSSノード（wine or corn）上で実行すると
以下の情報が表示されます。

実行例
% llchkclass
Fri Jul 20 08:57:18 JST 2012
ClassGroup　Total　Used　Idle
[a]　　　　　　　　　1　　　0　　　1
[a,b]　　　　　　　　1　　　1　　　0
[a,b,c,y]　　　　　36　　 29　　　7
[G1-G4]　　　　 128　　32　　 96
%

コマンドを実行すると，
1行目にコマンド実行日時が表示され，
若干時間を於いて
2行目以降にノード使用状況が表示されます。

[a]はaクラス限定ノードの使用状況
[a,b]はa,bクラス限定ノードの使用状況
[a,b,c,y]はSMP及び中規模MPIジョブクラス共用ノードの使用状況
[G1-G4]は大規模MPIジョブ共用ノードの使用状況
となります。

実行例では
aクラスの場合，[a]，[a,b]，[a,b,c,y]から
Total38ノード中8ノードの空きがあることになります。
bクラスの場合，[a,b]，[a,b,c,y]から
Total37ノード中7ノードの空きがあることになります。
cクラスの場合，[a,b,c,y]から
Total36ノード中7ノードの空きがあることになります。
G1~G4クラスは[G1-G4]から
Total128ノード中96ノードの空きがあることになります。

実行例のノード空き状況の場合，
9ノード以上使用する1時間以内のジョブリクエスト及び
8ノード以上使用する1時間超24時間以内のジョブリクエストは
aやbで投入すると確実に待ち時間が発生しますが，
G1やG4で投入すると待ち時間なくジョブが実行される可能性が
高いことになります。
（97ノード以上のジョブリクエストが先に投入されており，
かつ1時間以内にそのリクエストノード数が確保される予定と
なっている場合，待ち時間が発生します）

ご活用ください。

A.2 スレッドをコアに固定するオプション(HF_PRUNST_BIND=1)が機能しない 2012/05/23

A.3 スパコンに導入されているCコンパイラでパフォーマンスモニタを利用するには？ 2012/05/23

A.4 f90の-Oss（自動並列化）オプションをつけても性能が向上しない 2012/05/23

A.5 利用者番号 is not assigned account number.のメッセージ出力について 2012/01/26

A.6 ジョブコマンドファイルが無い旨のメッセージが出力されプログラムが実行されない 2012/01/25

【相談日】

2012/01/25

【質問詳細】

スパコンにバッチジョブを投入しプログラムを実行しようとすると，
標準エラー出力ファイルに以下のようなメッセージが出力され，
プログラムを実行せずにバッチジョブの処理が終了します。

/var/home/loadl/execute/htcf02c01p02.ジョブID.0/
ジョブコマンドファイル名: Command not found.

ジョブコマンドファイルの記述方法などに何か誤りがあるので
しょうか。

【回答】

ジョブコマンドファイルの改行コードに問題がある可能性があります。
以下のいずれかの方法で改行コードをご確認ください。

確認方法１
od -c ジョブコマンドファイル名

'￥n'の前に'￥r'が表記される箇所がある場合，
改行コードを変換する必要があります。
（実際の￥は半角で表示されます）

確認方法２
vi ジョブコマンドファイル名

行末に^Mが挿入されている場合，
改行コードを変換する必要があります。

なお，以下の方法により改行コードを変換できます。

変換方法１
テキストモードで転送

ファイル転送時にテキストモードで転送します。
WinSCPなどの転送ソフトには転送時のモードを
設定できるものがあります。
その場合，テキストモードで転送すると
転送時に改行コードを変換して転送します。

変換方法２
nkfコマンドで改行コードを変換

スパコン上で
nkf -Lu ジョブコマンドファイル名 >! 新ファイル名
または
nkf --unix ジョブコマンドファイル名 >! 新ファイル名

バッチジョブ投入には上記処理で作成した
新ファイルをご利用ください。
なお，後者は文字コードの変換（→EUC）も行います。

変換方法３
viエディタで変換（^Mの削除）

vi ジョブコマンドファイル名
を実行し，コマンドモードの状態で

:%s/^M//g

と入力し実行するとファイル内の^Mがすべて削除されます。
ただし，”^M”の入力は
「Ctrl」キー+「v」キーおよび「Ctrl」キー+「m」キー
で入力します。

A.7 XL C/C++ for AIXコンパイラの互換性について 2012/05/23

A.8 バッチノード演算での出力ファイルについて 2012/01/18

【相談日】

2012/01/18

【質問詳細】

c言語でプログラムを書いており、
fprintf(FILE,"a\n");
fflush(FILE)
という形で即、ファイルへとデータを出力させており、
研究室内の計算機で計算を行った際は随時、
結果を見ながら計算をしています。

しかし，同様のプログラムをスーパーコンピュータの
バッチノードで実行すると
プログラムがfclose(FILE)のところにくるまで
ファイルサイズが0バイトとなっており
出力データがファイルに出力されません。

計算時間削減の為、ファイルへの出力は最後に行うような
仕様にしているのでしょうか？
また途中経過を見るには、どうすればいいのでしょうか？

【回答】

バッチノード計算での出力ファイルの書き込み遅延については，
本センタースパコンSR16000で採用しているファイルシステムHSFSの
仕様に関係する問題となります。

HSFSは、キャッシュを利用したファイルシステムとなっています。
データを書き込んだノード（プログラム実行ノード）のキャッシュが
フラッシュされてIOサーバにデータが送信されるまで，タイムラグが
生じます。

また，プログラム実行ノードと異なるノード（hop000，wine等の
TSSノード）からはキャッシュに書き込まれているデータを認識する
ことができないため，TSSノード上でlsコマンドを実行して出力
ファイルサイズを確認しても，実行プログラムの出力処理が終了する
まで正確な数値を得ることはできない仕様となっております。

ただ，HSFSの仕様により多少のタイムラグはあるものの，実際には
出力ファイルにデータが書き込まれておりますので，データ出力の
途中経過を確認することは可能です。

以下コマンドによりデータ出力の経過を確認できます。

tail -f 出力ファイル名

A.9 f90を実行した後に現れるメッセージが文字化けする 2012/05/23

A.10 mpif90コマンドが見つからない　2011/11/21

A.11 スパコンでジョブの終了をメールで通知する方法は？ 2012/05/23

B.1 Gａｕｓｓｉａｎ09実行時にKBGT60003-I Budget function authenticatedが出力される 2012/07/27

B.2 ダウンロードサービス（Mathematica）のライセンス認証がはねられる 2012/05/31

【相談日】

2012/06/01

【質問詳細】

ダウンロードサービスのMathematicaについて，
Install_Guideに従いライセンスサーバの設定を行ったのですが，
Mathematicaを起動するとネットワークライセンスの認証ではねられてしまい，アクティベーションウィンドウが表示されます。
アクティベートキーの入力要求が来ているのですがどうすればよいのでしょうか。

【回答】

ライセンスサーバからライセンスが付与されない場合，
このような動作をすることがあります。
要因はいくつかのケースが考えられます。
以下のケースについてご確認ください。

A．保守日や全学停電などでライセンスサーバが停止しているケース
保守日や全学停電ではライセンスサーバが停止もしくはメンテ作業により動作が不安定な状態となっており，本サービスを提供できない可能性がありますのでご承知おきください。
保守日については利用時間をご覧ください。

B．mathpassファイルの設置場所が間違っているケース
OSにより，また，全ユーザを対象にするのか各ユーザごとを対象に
するのかにより設置場所が異なります。
フォルダオプションですべてのファイル，フォルダが表示されるよう設定していないと設置場所へはたどり着けませんのでご注意ください。
詳細はInstall_Guideをご覧ください。

C．mathpassファイルのファイル名が間違っているケース
作成するmathpassファイルのファイル名は
”mathpass”となります。メモ帳等で作成する場合，
txtファイルとして作成され拡張子（.txt）がファイル名に付加されます。フォルダオプションで登録されている拡張子を表示しない設定になっている場合，アイコンの表示名では拡張子を確認することはできませんので，ファイルのプロパティ等でフルネームを確認し，拡張子がついているようであれば，名前の変更によりファイル名から拡張子部分を削除してください。この時警告ポップアップが出ますが問題ありませんので変更処理を進めてください。
詳細はInstall_Guideをご覧ください。

D．mathpassファイルの記述方法や内容が間違っているケース
"!"から記述する，Mathematica6及び8を併用する場合の記述方法など，記述には規則がございます。またサーバ名などの記述に記入ミスがないか再度ご確認ください。
詳細はInstall_Guideをご覧ください。

E．mathpassファイルの記述で当年度用のポート番号に変更されていないケース
ライセンスサーバに接続するためのポート番号は年度ごとに変更され，
変更の都度，mathpassファイルにて設定を変更していただく必要があります。ポート番号のアナウンスは情報基盤センターポータルページから入手できるInstall_Guideで行っております。（Install_Guide
を入手するには当年度において大型計算機システム利用者である必要があります。）詳細はInstall_Guideをご覧ください。

F．mathpassファイルが2か所に存在するケース
過去に，同一PCでMathematicaを使用していた場合，Mathematicaをアンインストールしても以前使用していたmathpass等Mathematica設定ファイルは削除されずに残ります。その場合，以前の設定で各ユーザごとを対象とした場所にmathpassファイルを設置していて，今回全ユーザを対象とした場所にmathpassファイルを設置した場合，以前に設定されたmathpassファイルが読み込まれてしまいネットワークライセンスの認証がはねられる場合があります。
その場合，以前の設定ファイルを削除するか，以前の設定ファイル内の記述を今回の設定と揃える必要があります。
詳細はInstall_Guideをご覧ください。

G．クライアントPC側で通信が閉じられているケース
PCに導入されているパーソナルファイアウォール設定等により
ライセンスサーバに接続するためのポートでの通信がブロックされて
いる可能性があります。
InstallGuideでポート番号を確認し，ファイアウォールの設定で
そのポートでの通信が許可されているかご確認いただき，
もし閉じられているようであれば通信を通すよう設定ください。
もし，ファイアウォールを無効にしてライセンス認証が許可されるようになった場合，ファイアウォールの設定に起因する可能性が高くなります。

H．本学所有ライセンスがすべて払い出されているケース
本サービスは31ユーザ同時利用ライセンスを所有しておりますが，
すべてのライセンスが同時に利用された場合，新たなライセンス付与要求に応答することができません。この場合，他の利用者が使用しているライセンスがリリースされるのを待つしかありませんが，まずは上記A～Gのケースをご確認いただいたうえ，問題が解決しない場合は，
ソフトウェア支援チーム（内線2943）またはお問合わせフォーム
からお問い合わせください。

B.3 オンラインマニュアルの認証について 2012/05/25

B.4 情報基盤センターで公開している資料取得時のIDとパスワードとは？　2011/11/28

B.5 アプリケーションサーバにファイルがない　2011/11/21

B.6 スパコンでxemacsが利用できなくなった 2012/05/23

C.1 malt1，malt2にログインできない 2012/06/04

C.2 ssh接続の時，自動ログアウトしないようにするにはどうしたらよいか 2012/02/21

C.3 ログアウト後も継続してプログラムを実行させるにはどうしたらよいか 2012/02/21

C.4 利用者番号(スパコン、アプリケーションサーバ等)のパスワード変更方法　2011/11/28

C.5 FTPソフトでスパコンに接続できない　2011/11/21

D.1 「Ｘエミュレータの起動に失敗しました」と出力されアプリケーションが起動しない　2011/12/27

D.2 アプリケーションボタンでアプリケーションが起動しない　2011/11/21　

E.1 FFFTP(フリーソフト)でホームページサービス(ROSE)に接続できない 2012/01/31

G.1 SR16000スパコンファイルの使用容量を調べたい　2013/05/14

G.2 バルクメンバー間のみでファイルの閲覧をしたい 2013/04/24

【相談日】

2013/04/25

【質問詳細】

同じバルクグループのメンバー間で同じコードを改良しながらシミュレーションを行っているので、互いのファイル内容をチェックしながら仕事を進めないといけないことがしばしばあります。

現在でも、ファイル名を指定するとタイムスタンプ等を見ることはできますが、互いにフォルダの内容を見ることができるようにできないでしょうか？

例えば、buxx02から
ls /home/buxx01/参照先ディレクトリ/
のような形でファイルを見ることができれば、
我々としては便利になります。

同じバルクのメンバー間だけで互いにファイルを自由に見えるように設定する方法がありましたら、教えていただけるとうれしいです。

【回答】

同じバルクグループのメンバーの場合，作成されたファイル・ディレクトリの所有グループは同じグループとなります。

従いまして作成したファイル・ディレクトリにchmodコマンドで
グループに適当な権限を与え，その他のユーザに権限を与えない
よう設定すると，同じバルクメンバー間だけでファイル・ディレクトリを自由に参照することが可能です。

質問にある例えの場合

/home/buxx01ディレクトリのグループに実行権限が与えられており，他の利用者に権限が無い状態
（chmod g+x,o= /home/buxx01）
また，/home/buxx01/参照先ディレクトリのグループに
読み・実行の権限が与えられており，他の利用者には権限が無い状態
（chmod g+rx,o= /home/buxx01/参照先ディレクトリ）
となっていると，
buxx02が
ls /home/buxx01/参照先ディレクトリ/
を実行したときに，参照先ディレクトリ下にあるファイル・ディレクトリをリストすることができ，同じグループに所属していない利用者（例えばbuyy01）からはなにも閲覧できません。

1.1 情報基盤センターの問い合わせ先，アクセス方法は？　2012/6/7

1.2 情報基盤センターの閉館時間，スパコンの利用できる時間は？　2012/6/7

1.3 各種申請書の取得方法は？　2012/6/7

1.4 各種申請書の提出先は？　2012/6/7

1.5 各種申請書のWORD形式ファイルが欲しい場合は？　2012/6/7

2.1 現在の利用状況を知りたい場合は？　2012/6/11

2.2 演算付加サービス，ファイル付加サービスを追加したい場合は？　2012/6/11

2.3 演算付加サービス，ファイル付加サービスを取り消したい場合は？　2012/6/11

2.4 演算付加サービス，ファイル付加サービスのコースを変更したい場合は？　2012/6/11

2.5 「利用申請書」の予算額とは？　2012/6/11

2.6 予算額を変更したい場合は？　2012/6/11

2.7 利用期限はいつにすればよいか？　2012/6/11

2.8 毎月1,050円課金されているのはなぜ？　2012/6/11

2.9 毎月1,050円課金されているが，スパコンのファイル付加サービスを申請した月も1,050円は課金されるのか？　2012/6/11

2.10 基本サービス経費のファイル利用の負担金(1,050円)の支払費目を変更したい場合は？　2012/6/11

2.11 年度初めに送られてくる「支払責任者の登録確認について(依頼)」とは？ 2012/6/11

2.12 「利用通知書」(はがき)とは？ 2012/6/11

2.13 基本サービス経費だけでできることは？ 2012/6/11

2.14 基本サービス経費は年度内のいつ申請しても12,600円なのか？　2012/6/11

2.15 高等専門学校専攻科生および大学に所属する研究生は利用資格があるか？ 2012/6/11

2.16 外国人に利用資格があるか？　2012/6/11

2.17 利用者の職名，身分，氏名，連絡先などに変更があった場合は？ 2012/6/11

2.18 年度の途中で所属機関が変わったが，異動先でもセンターの大型計算機システムを使いたい場合は？　2012/6/11

2.19 支払費目を追加したい場合は？ 2012/6/11

2.20 利用承認(利用負担金発生)後に支払費目の変更をしたい場合は？　2012/6/11

2.21 日本学術振興会特別研究員は支払責任者になれるか？　2012/6/11

2.22 支払責任者を変更したい場合は？ 2012/6/11

2.23 利用負担金の請求される時期は？ 2012/6/11

2.24 大型計算機システムの利用登録をするには？ 2012/6/11

2.25 大型計算機システムの利用資格は？ 2012/6/11

2.26 学部学生に利用資格があるか？　2012/6/11

4.1 民間企業等の有償利用とは？　2012/6/7

4.2 審査の基準とは？　2012/6/7

4.3 利用期限はいつまでなのか？また期限の更新は可能なのか？　2012/6/7

4.4 商用アプリケーションを利用したい場合は？　2012/6/7

5.1 オンライン申請の申請から承認までの流れは？　2012/6/7

5.2 支払責任者に申請の承認のお願いメールがきた場合は？　2012/6/7

期間	曜日	利用時間	閉館時間
3～10月	平日	9:15 ～ 19:45	20:00
3～10月	土日祝	終日閉館
11～2月	平日	9:15 ～ 22:45	23:00
11～2月	土日祝	終日閉館

Q&A表検索

A.言語処理関係

A.1 ジョブクラス別の空きノード数を知るには？ 2012/07/20

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

A.2 スレッドをコアに固定するオプション(HF_PRUNST_BIND=1)が機能しない 2012/05/23

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

A.3 スパコンに導入されているCコンパイラでパフォーマンスモニタを利用するには？ 2012/05/23

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

A.4 f90の-Oss（自動並列化）オプションをつけても性能が向上しない 2012/05/23

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

A.5 利用者番号 is not assigned account number.のメッセージ出力について 2012/01/26

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

A.6 ジョブコマンドファイルが無い旨のメッセージが出力されプログラムが実行されない 2012/01/25

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

A.7 XL C/C++ for AIXコンパイラの互換性について 2012/05/23

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

A.8 バッチノード演算での出力ファイルについて 2012/01/18

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

A.9 f90を実行した後に現れるメッセージが文字化けする 2012/05/23

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

A.10 mpif90コマンドが見つからない 2011/11/21

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

A.11 スパコンでジョブの終了をメールで通知する方法は？ 2012/05/23

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

B.アプリケーション関係

B.1 Gａｕｓｓｉａｎ09実行時にKBGT60003-I Budget function authenticatedが出力される 2012/07/27

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

B.2 ダウンロードサービス（Mathematica）のライセンス認証がはねられる 2012/05/31

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

B.3 オンラインマニュアルの認証について 2012/05/25

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

B.4 情報基盤センターで公開している資料取得時のIDとパスワードとは？ 2011/11/28

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

B.5 アプリケーションサーバにファイルがない 2011/11/21

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

B.6 スパコンでxemacsが利用できなくなった 2012/05/23

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

C.リモート接続・ファイル転送関係

C.1 malt1，malt2にログインできない 2012/06/04

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

C.2 ssh接続の時，自動ログアウトしないようにするにはどうしたらよいか 2012/02/21

【相談日】

【質問詳細】

【回答】

A.10 mpif90コマンドが見つからない　2011/11/21

B.4 情報基盤センターで公開している資料取得時のIDとパスワードとは？　2011/11/28

B.5 アプリケーションサーバにファイルがない　2011/11/21

C.4 利用者番号(スパコン、アプリケーションサーバ等)のパスワード変更方法　2011/11/28

C.5 FTPソフトでスパコンに接続できない　2011/11/21

D.1 「Ｘエミュレータの起動に失敗しました」と出力されアプリケーションが起動しない　2011/12/27

D.2 アプリケーションボタンでアプリケーションが起動しない　2011/11/21　

G.1 SR16000スパコンファイルの使用容量を調べたい　2013/05/14

1.1 情報基盤センターの問い合わせ先，アクセス方法は？　2012/6/7

1.2 情報基盤センターの閉館時間，スパコンの利用できる時間は？　2012/6/7

1.3 各種申請書の取得方法は？　2012/6/7

1.4 各種申請書の提出先は？　2012/6/7

1.5 各種申請書のWORD形式ファイルが欲しい場合は？　2012/6/7

2.1 現在の利用状況を知りたい場合は？　2012/6/11

2.2 演算付加サービス，ファイル付加サービスを追加したい場合は？　2012/6/11

2.3 演算付加サービス，ファイル付加サービスを取り消したい場合は？　2012/6/11

2.4 演算付加サービス，ファイル付加サービスのコースを変更したい場合は？　2012/6/11